Die Sammlung der Peyerschen Tobias Stimmer-Stiftung umfasst circa 200 Werke, mehrheitlich aus dem 16. bis 18. Jahrhundert, die für den erweiterten Kulturraum Schaffhausen von Bedeutung sind. Schwerpunkte bilden Malerei, Skulptur, Zeichnung, Grafik sowie historische Objekte und Gegenstände mit Bezug zur Familie Peyer.

Bei der Bombardierung von Schaffhausen 1944 wurden Porträts von Mitgliedern der Familie Peyer zerstört, die der Künstler Tobias Stimmer im 16. Jahrhundert geschaffen hatte. Hauptanliegen der Peyerschen Tobias Stimmer­-Stiftung war es, das Schaffhauser Kulturerbe für die Zukunft zu erhalten und Lücken in den Sammlungen des Museums zu schliessen. Ihrem Namen gemäss legt die Stiftung ihren Schwerpunkt bis heute auf die Beschaffung von Kunstwerken aus der Zeit und dem Umkreis Tobias Stimmers. Die beiden weiteren Sammlungsschwerpunkte der Peyerschen Tobias Stimmer­-Stiftung liegen auf Kunstgegenständen aller Gattungen aus dem Besitz der Familie Peyer oder anderer Familien des Schaffhauser Patriziats. Durch gezielte Ankäufe sollten Veräusserungen und Verluste verhindert werden.