Die chronologische Präsentation der Sammlung älterer Kunst beginnt im Kreuzsaal mit hochstehenden Werken sakraler Kunst des Spätmittelalters. In den Raumfolgen der Kunstabteilung werden sodann hochstehende Meisterwerke der Renaissance (Lucas Cranach d.Ä., Tobias Stimmer u.a.) präsentiert. Ein weiterer Raum zeigt wichtige Beispiele von Schaffhauser und Schweizer Künstlern des 17. und 18. Jahrhunderts. Alexander Trippels klassizistische Plastiken und exemplarische Arbeiten des Realismus des 19. Jahrhunderts schliessen an.

Das Schweizer Dreigestirn Ferdinand Hodler, Cuno Amiet und Felix Vallotton ist mit herausragenden Gemälden vertreten. Der Rundgang schliesst mit einigen Positionen des Nachkriegsexpressionismus (Otto Dix), der Neuen Sachlichkeit (Niklaus Stoecklin, Adolph Dietrich u.a.) und des Surrealismus (Werner Schaad) ab.

Die aktuelle Präsentation der Gegenwartskunst fokussiert auf wichtige Neuzugänge der vergangenen Jahre. Neben Werken der aus Schaffhausen stammenden Kunstschaffenden Yves Netzhammer, Olaf Breuning und Maya Bringolf sind auch Werke von Leiko Ikemura und Martin Disler zu sehen, die beide zu den Sammlungsschwerpunkten gehören. In einem Wechselspiel aus Malerei, Fotografie, Skulptur sowie installativen Werken spiegelt die Ausstellung auch die gewachsene mediale Vielfalt der Sammlung Gegenwartskunst wider.