Die persönliche Leidenschaft Ebnöthers galt dem Vergleich zwischen Werken der präkolumbischen Welt und der europäisch-vorderasiatischen Antike. Der Sammler erhoffte sich in der direkten Gegenüberstellung der Objekte Aufschluss über zentrale Fragen des menschlichen Lebens.

Der Schwerpunkt der Sammlung liegt in der Neuen Welt. Rund 3000 Artefakte sind peruanischer und ekuadorianischer Herkunft und bilden die umfassendste Dokumentation vorspanischer Kunstwerke der beiden Länder in der Schweiz. Ein Höhepunkt sind die formativzeitlichen Goldarbeiten aus Peru. Sie werden vom berühmten Archäologen Walter Alva als die grösste und wichtigste Gruppe solcher Fundstücke ausserhalb Amerikas bezeichnet.

Im Bereich der alten Welt sind vor allem die Kultur der Etrusker aus Altitalien und die Urartu-Kultur aus der heutigen Osttürkei durch herausragende Objekte sehr gut dokumentiert. Bei einem Grossteil der Objekte handelt es sich um Grabbeigaben. Der Sammlungsrahmen umfasst annähernd die ganze Bandbreite des menschlichen Schaffens, vom schlichten Utensil aus organischem Material bis zur elaborierten Preziose aus Edelmetall.